結論

何もしない

経緯

npm 5まではnpm installがpackage.jsonに依存を記述する機能がなかったので手動で記述していた。
npm 5で–saveが追加され、package.jsonファイルが存在すれば自動で追加するようになった。
現状のバージョンでは–saveがなくてもpackage.jsonに依存関係が記述されるがどのバージョンからこの仕様になったのかは不明だが、ある時点でデフォルトになったものと推定される。
そのかわり–no-saveオプションが追加されたものと思われる。

https://stackoverflow.com/questions/19578796/what-is-the-save-option-for-npm-install/50697509