eclipseはパッケージで提供されていますが、これは最新のものではなく、インストールする時は当然ルート権限でインストールするため、eclipse自体のアップデートがユーザ権限で起動しているとうまくいかなくなることも考えられます。そこでここではeclipseは本家から持ってきてインストールします。javaもsunのものを使います。sunのjavaはパッケージで提供されており、alternativesによる切り替えも出きるのでそれをつかいます。

またインストールする場所も、/usr配下ではなく、ホームディレクトリ配下にした方がいいと思います。プラグインなどもインストール時にトラブる確率が低くなると思います。

１、sunのjava-jdkをインストール

$ sudo apt-get install sun-java6-jdk

２、galternativesをインストール

$ sudo apt-get install galternatives

３、galternativesを起動してjavaをsunのjavaに切り替える。javacも切り替えた方がよいかも。

java -versionコマンドで切り替わっているか確認する。

４、本家からeclipseをダウンロードして展開後、eclipseコマンドで実行できる。展開するディレクトリは最初に書いた問題があるのでホームの下にした。