C++/CLIを使う理由の１つは既存のCライブラリを使うことです。このとき既存ライブラリのデータをCLRアプリでどう扱うか、という問題があります。

ref classはネイティブクラスの実体をもつことはできませんが、ポインタなら持つことができます。ただしref classはその開放方法が様々なので、そのポインタをどうやって破棄するのかを考えておかなければなりません。

gcrootを使うと、ネイティブクラスの中にハンドルを持つことができます。